Respon Pemerintah Daerah ternyata cukup baik dan menawarkan beberapa alternatif yang dapat dijadikan lokasi pembangunan gedung sekolah filial SMP Negeri 4 Yogyakarta. Setelah melalui berbagai pertimbangan, akhirnya disepakati untuk memilih tanah bekas Stasiun Basen di Tinalan Kotagede. Kesepakatan ini ditindaklanjuti dengan penandatanganan surat perjanjian hak penggunaan atas tanah yang disepakati antara POMG SMP Negeri 4 dengan Pemerintah Daerah Propinsi DIY., yang tertuang dalam Surat Perjanjian Nomor : 2/S/Tahun 1958, tanggal 20 Februari 1958. Isi perjanjian tersebut antara lain menyebutkan bahwa tanah seluas 3.500 meter persegi disewa dengan harga Rp. 1.400,- per tahun.
Atas izin Gubernur Kepala Daerah Istimewa Yogyakarta, pada tahun 1957, POMG SMP Negeri 4 Yogyakarta memulai pembangunan 4 ruang kelas di SMP Negeri 4 Jalan Pogung dan dua ruang kelas di Basen Kotagede sebagai SMP Filialnya.
Pada tahun 1958, dimulailah Kegiatan Belajar Mengajar di “SMP Basen” di bawah bendera SMP Negeri 4 Yogyakarta.
Berkat usaha keras POMG SMP Negeri 4 Yogyakarta dan masyarakat umum, maka pada tahun 1960 berhasil membangun delapan ruang kelas baru, sehingga SMP Filial di Basen memiliki sepuluh ruang kelas. Pada saat itu, Kamil Pranowo sebagai Wakil Kepala SMP Negeri 4 yang diserahi tugas mengelola SMP Filial di Basen. Kamil Pranowo sendiri sangat gigih dalam berusaha mengembangkan sekolah tersebut, dengan dilandaskan pada motto “Dari Rakyat, Oleh Rakyat, Untuk Rakyat.”